История педиатрического корпуса начиналась в 1971 году. Сегодня два педиатрических отделения, расположенные в одном корпусе, рассчитаны на 90 коек. Ежегодно здесь проходят обследование и лечение около 3-х тысяч детей. Оказывается медицинская помощь по всем специальностям: педиатрия, пульмонология, аллергология, иммунология, гастроэнтерология, детская кардиология. Детские отделения являются клинической базой кафедры детских болезней Башкирского государственного медицинского университета.