Образовательная система в воскресной школе направлена не только на освоение дисциплин, но и на соответствующее воспитание. Кроме ключевых предметов, составленных на основе базисного учебного плана, коллектив учителей обращает внимание на личное развитие ученика. Обучение в воскресной школе во имя святого апостола Иоанна Богослова не ограничена исключительно лишь занятиями в классах — ученики участвуют в разнообразной внеклассовой деятельности. Мудрые воспитатели, непередаваемая атмосфера занятий, дружеские взаимоотношения образуют благоприятную атмосферу для гармоничного развития личности.