Стационар Центральной клинической больницы СО РАН рассчитан на 470 коек и оказывает круглосуточную доступную медицинскую помощь, а также платные медицинские услуги. В состав стационара входят отделения: хирургии, травматологии и ортопедии, урологии, терапии, кардиологии, неврологии, а также детское отделение. Кроме того, для пациентов с терапевтической патологией открыт Академический терапевтический стационар.