Клиника НИИТО представляет собой многопрофильное медицинское учреждение, на базе которого работает 6 специализированных центров: урологии и гинекологии, травматологии, ортопедии, хирургии и онкологии, восстановительного лечения, детской ортопедии и вертебрологии, консультативно-диагностический центр.