Образовательная структура в медресе направлена не только на изучение наук, но и на достойное воспитание. Кроме фундаментальных разделов обучения, основанных на базисном учебном плане, коллектив преподавателей уделяет внимание на индивидуальное развитие учащегося. Учеба в медресе Мухаммадия не ограничивается исключительно лишь занятиями в стенах здания — ученики принимают участие в разнообразной внеклассовой работе. Мудрые наставники, уникальная обстановка занятий, дружеские отношения создают благодатную среду для всестороннего развития человека.